A mi tambien me paso igual si flasheo 4.3 desde fastboot se queda en el logo no importa cuantas veces lo flasheé, lo que hago es apagarlo y entrar al recovery y hacerle un factory reset y luego ya entra, aveces.
Otra forma que me a funcionado cuando niel factory reset es flashear primero la compilacion jop40d esa si inicia, una vez iniciado flasheo la 4.3 y entonces si inicia, mi nexus funcion extraño :|