si estas en la version 4.1.2 deberias ir al apartado de aplicaciones en configuracion, ahi tienes que irte a la pestaña todas las aplicaciones, desinstala todas las actualizaciones de flipboard y cuando lo hagas te dejara desactivarlo.
por otra parte en el play store deactiva las actualizaciones automaticas, dejalas manuales ya que es posible que como quitaste las actualizaciones del flipboard este se actualize solo ( ya que podrias tener las actualizaciones automaticas activas) y por consiguiente se vuelva a activar.