Yo uso el
Aroma File Manager, desde el recovery, que es una forma bastante "segura" de tocar el system sin problemas. Siempre uso la misma fuente, Storopia, y en kitkat es igual que en JellyBean, sólo tienes que meter las fuentes correctamente renombradas en /system/fonts. Aroma ya tiene cuidado de dejar los mismos permisos que los ficheros que estás sobreescribiendo.