Si ya eres root, puedes hacer backup de tus apps actuales, el problema es que algunas veces el restaurar estas apps en otra rom, por ejemplo 4.3 sea la que sea, puede ocasionar fallos por incompatibilidad de las apps, aunque no siempre pasa. Se aconseja hacer un backup de tu rom actual, en tu caso stock por si la nueva rom que instalas no te gusta o presenta problemas.
