¿Qué drivers has instalado?
Yo uso Windows 8.1 x64 y tenía problemas con los drivers de mi antiguo Galaxy Ace, pero el Nexus no me da problemas. Instalé los drivers a través del SDK de android (
http://developer.android.com/sdk/index.html).
Instale los paquetes Android SDK Tools, Android SDK Platform-tools y en el apartado de extras Google USB drivers.
P.D: Comprueba que tienes la depuración USB activada.