Entra en Google Contacts con un ordenador, ahi puedes gestionarlos mas facilmente...
La carpeta que se sincroniza con el movil es "Mis contactos", y se sincroniza en una sola lista... Luego es diferente si metes los contactos en grupos, pero vaya, la lista de Mis contactos tienes que verla toda junta sea como sea siempre que tengan asignado un numero de telefono...