Primero necesitas una app que pueda navegar por archivos del sistema, como por ejemplo Root Browser, que es el que usé yo.
Desde este entras en system/build.prop, vas al final del archivo y en una nueva línea escribes:
qemu.hw.mainkeys=0
Guardas y sales.
Ahora vas a system/usr/keylayout/sec_touchkey.kl y añades un
# delante de las dos líneas existentes, quedando tal que:
#key 158 BACK VIRTUAL
#key 139 MENU VIRTUAL
Guardas de nuevo y vuelves a salir.
Ahora reinicias tu móvil y tendrás los botones virtuales así como los botones físicos de menú y atrás inhabilitados.
Eso sí, el botón home sigue funcionando y no sé desactivarlo, pero a los días te olvidas de que existe y se conserva perfectamente.
Por cierto, por si queréis un tema para Cyano basado en 4.4 aquí tenéis uno, el mejor que he encontrado:
https://play.google.com/store/apps/d...e.kitkat&hl=es