Hay algunos programas de música que solo te cojen las carpetas que tu les dices para la música, yo el que uso es el btunes, de lo mejorcito que hay y permite esa opción. Por otro lado, lo tengo con un programita para sincronizarlo con iTunes en el ordenador, de esa forma es imposible que se me cuelen archivos de audio del tipo que tu mencionas.
Por cierto, aprovecho a ocasión para NO recomendar el "3" o cube. Es muy muy inestable y a nada que tengas unos cuantos gigas de canciones se bloquea a la mínima. La desaprobación es la única forma que hay para que el desarrollador corrija este problema y que sea así un buen reproductor.
Saludos