Hay programas que te añaden las caratulas dentro del MP3, el iTunes por ejemplo lo hace solo por tener vinculada la tarjeta de credito a la cuenta de iTunes y seleccionar la casilla de que busque las caratulas, aunque cuando yo lo probé no hacia nada con la música española.
El propio iTunes también te permite añadirlas a mano en el cuadrito que tiene para mostrar las caratulas. Se que hay otras aplicaciones que lo hacen, incluso algunas directamente lo hacen todo solas, pero no me se el nombre.