Esto es porque las aplicaciones se instalan en /data. Internal storage es la memoria interna, USB Storage supongo que será lo de la tarjeta externa y el almacenamiento de aplicaciones es el /data que yo te comentaba.
Android crea distintas particiones en la memoria interna, dando lugar al internal storage, /data, etc.
Y yo no pasaría las aplicaciones como tú haces: busca información sobre la aplicación Link2sd y cómo crear una segunda partición en tu MicroSD externa para luego utilizarla con Link2sd, enlazando las aplicaciones en lugar de moverlas.