Si tu modelo es el I8160P (NFC) tienes que copiar la carpeta tee y sobreescribir la de la cm10.2
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=707112
Si te funciona las llamadas con la stock, no es un problema de hardware, así que reinstala la stock y vuelve a flashear la cm10.2 por si hubo algún fallo.