No es que el led sea malo... Es que las aplicaciones no configuran las notificaciones para que lo usen. Los desarrolladores de aplicaciones deben ser los que configuren un color y frecuencia, o bien le den la opción al usuario de configurarlo. Pero si un desarrollador en su aplicación no ha programado la parte del led, por mucho que haya led en el telefono, no va a encenderse. Para eso lightflow lo hace por las aplicaciones que no disponen de esa característica.
No le echéis la culpa al nexus ni a la rom porque no tienen nada que ver aqui.
Un saludo!