Para hacer backup:
https://play.google.com/store/apps/d...umBackup&hl=ca
Recuerda hacer backup de la app de mensajería para no perder los sms, es lo típico que se pierde... (es de system apps). O busca alguna app en Play Store para estar 100% seguro!
El backup de las apps las guarda en la tarjeta SD.
Recuerda exportar también los contactos a la SD, muy importante!! No querrás perder a tus nuevos contactos... (desde la app de contactos se puede hacer, lo guardará en un archivo .vcf si no recuerdo mal).
Entonces, para flashear con Flashtool:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=340728
Descarga la ICS nórdica... pesa 150+mb.
Una vez puesto ICS otra vez... root:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=471888
Entonces, a restaurar las apps de las que hayas hecho backup con el Titanium.
Con esto estaría todo solucionado. Lo importante de todo esto es no perder los contactos, y en menor medida, los sms. Las otras apps siempre se pueden volver a instalar.
EDIT: el compañero de arriba ya te ha respondido muy bien. Para flashear + root haz lo que dice él. :p