Solucionado.
Lo explico para los principiantes que tengan el mismo problema que yo, los demás lo sabreis de sobra ;).
No sé cual sería el problema, pero pongo lo que he hecho para que fuera. Lo único diferente ha sido usar el boot.img del mismo fichero de la compilación.
Conectamos el móvil en modo fastboot (mantenemos apretado el botón de menú mientras le conectamos el cable microUSB y se nos pondrá el led azul.
Abrimos el flashtool, vamos al rayito, elegimos fast boot mode, elegimos Select kernel to flash de la derecha y elegimos el fichero boot.img de dentro del fichero de la rom que deseamos instalar, y si todo va bien en 3 segundos ya estará flasheado. (hay cantidad de tutoriales en youtube sobre el tema).
Ahora lo desconectamos y lo encendemos. Mientras lo encendemos le vamos dando al botón de bajar el volumen varias veces para que nos salga.
Ahora nos saldrá el menú y elegimos wipe cache, wipe data/factory reset, format /system (dentro de mounts and storage) y wipe dalvik cache (en advanced). Con el fichero de la ROM en la microSD le damos a instalar zip desde sd (install zip / choose zip from sdcard) y elegimos el fichero de la ROM que queramos instalar. Esperamos unos minutos hasta que acabe y luego para instalar las aplicaciones de google (gapps) con el ficheros gapps correspondiente dentro de la microSD elegimos otra vez la opción instalar desde sd (install zip / choose zip from sdcard) y le seleccionamos, y esperamos un par de minutos hasta que acabe y le damos a reeboot systen now. Y ahora por lo menos ya irá el wifi, al menos a mí en mi ARC. Ale, a disfrutar del bicho.