Tiene pinta de ser cosa de los drivers del teléfono para el PC, pero no estoy seguro. Re-instalalos que no se pierde nada por intentarlo. Cuando instalas flashtool, él mismo lleva una carpeta "drivers" puedes cogerlos de allí.
Comprueba también (aunque supongo que ya lo habrás hecho) que tengas el modo "depuracion USB" activo antes de conectar el teléfono por usb