Creo que no voy a ayudarte pero te digo mi experiencia ya que veo que más o menos tenemos parecidas configuraciones aunque yo no toque el Sistema Operativo y su Rom, solo configuro lo que me permite y corro los diversos programas que le he instalado.
Tarjeta de 16GB HD Clase 2 casi todo instalado ahí exepto los que no me permite o considero que deben ir en la memoria principal, como es Resco Explorer; aunque es de Vodafone le puse la ROM original 1.66, como programas tengo casi todos los de spb, muchos de Resco, así como otros dirigidos a diversos temas pero de conocidos fabricantes siempre. Ya lleva así unos noventa días y funcionando como nueva.
Bueno aquí dijo el usuario pediatrucho que la tarjeta de 16 GB y bajo sus tribulaciones con un tema como el que comentas que sucede que sacando de la tarjeta su contenido, formateando y volviendo a meter su contenido, para no tener que empezar de cero, consiguió arreglar un problema parecido al tuyo. Creo que es un buen truco que da resultados. También puedes probar con Pocket Mechanic y desfragmentar la tarjeta a ver que pasa.