Buenas, lógicamente se te detendran o perderán parte de sus funciones las apps relacionadas con dichos servicios o directamente las apps en si que detienes no se ejecutarán, salvo que las ejecutes tu mismo o que un proceso que las requiere las lance.
En principio no hay problema pero atente a las consecuencias que lo relacionado con lo que pares no va a ejecutarse. Ten cuidado con desactivar las necesarias para que el sistema funcione como es debido.
Saludos!