Hola, que rom tienes?, se que eso le pasaba a la rom de modaco, la r2 con a2sd, con la versión de rodriguez 2.2 eso no pasa, yo he reiniciado muchas veces y las aplis siguen ahí sin problema.
Supongo que la partición tiene unos cuantos megas de swat ¿no?. Yo leí por ahí que no era recomendable dar más de 1.5 Gb de tamaño para el ext2, que luego conviertes a ext3, pero no tengo tan claro de que sea así, es posible que funcione bien con una partición de 2Gb, creo que warrioroffice tenía una hecha de 2 Gb y funcionaba bien. Aunque creo que no es necesario, yo al instalar la versión de rodriguez desde el recovery, en la opción "others" moví el "log" a la sd, digo que creo que esto no es necesario, pero prueba unas cosas antes de volver a particionar por si acaso, eso sí, si tienes la r2 de modaco, esa daba ese fallo, al reiniciar se iban las aplis, por eso la mejor opción por ahora es rodriguezstyle. (En mi caso la 2.2 va bastante bien).
Esperemos las mejoras de modaco en a2sd, velocidad, estabilidad y demás en su nueva rom, que se está haciendo de rogar.
Saludos.