Yo tengo la ultima version y no tengo esas problemas, las pelis mkv 1080p las veo por streaming desde un HDD en red, por lo que lo que la velocidad de transferencia en mi caso es inferior a la tuya, no tienes que probar ningun reproductor bien con Xbmc o el nativo de Mygica de te tiene que funcionar perfectamente.
Que tipo formato tiene tu HDD? para descartar cosas puedes poner esa pelicula que te da problemas en un pendrive USB y ver si funciona bien.
Otra cosa es cambiar el audio de HDMI passtrouch a SPDIF o viceversa.
Salu2.