Vale he aislado el problema. He flasheado el móvil la actualización que tenía pendiente la ha instalado, y me han vuelto a aparecer todos las app de Samsung, pero ocurre lo siguiente. Conectado en wifi el Whatsapp recibe perfectamente al momento, sin embargo cuando se conecta en 3G, sólo recibe los mensajes de Whatsapp encendido, no con la pantalla apagada, estando en reposo. Ando probándolo pero parece ser que repite esa pauta.