Veo que llevas tiempo mareando la perdiz con el temita...te diré una solución que no te gustará si es que no las hecho ya por el tiempo que llevas con ello.
Si eres root con hacer una copia de tus aplicaciones las restauras del tirón luego.
Elimina cuenta Google del teléfono, no podrás eliminarla salvo que sea una cuenta secundaria.
Si no es secundaria por que es única y principal as lo siguiente.
Restaurar teléfono de fábrica desde los ajustes, no se que rom y versión tendrás pero por ahí andará dejándote elegir si quieres borrar la sd.
Ya es cosa tuya borrar sd o no, copia antes sd al pc.
Una vez restaurado de fábrica, configura todo de nuevo " SIN METER CUENTA GOOGLE".
Si en la sd tienes copia de contactos la eliminas para evitar restaurar ese archivo sin querer por ti mismo.
Desde navegador en pc, cuenta gmail y ve borrando todos los contactos.
Si no te deja borrar muchos, ve borrando poco a poco y sincronizado la página para ver si realmente se borró.
Cuando termines en pc, configura cuenta Google en teléfono y sincroniza contactos.
Ya sólo te cogerá los que dejaste en la web desde el pc.
Si aparecen mas...es por exportar sin darte cuenta por error contactos desde teléfono(archivo en la sd), SIM, Facebook, whatsapp, etc...
Normal si te salen repetidos algunos, un mismo contacto puede tener mismos datos en whatsapp, Facebook, gmail, etc...allí donde tengas una app con sincronización con datos de contactos te aparecerá duplicado.
A todo esto, en la misma web de gmail busca contactar, soporte, algo hay seguro, yo mismo consulté a Google por algo de mi cuenta por email y...bueno, ahí quedó la consulta que respuesta casi nula

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Un saludo.
