A grandes rasgos, mañana detallo el tuto para hacer backup/restore de aplicaciones se usa esto:
adb remount
adb pull /data/app app
te creara una carpeta app en la carpeta que estes en ese momento hay dentro tienes todas tus aplicaciones
luego para instalarlos la forma mas limpia es esta:
adb remount
adb install nombre.apk
listo una a una o si quieres todas:
adb remount
adb push app /data/app
Todo ello desde la consola de dos con el telefono conectado por usb.
(Sacado de las FAQ's de Superatmel)