Si, al hacer los wipes vas a perder los datos que tengas en la memoria del teléfono, por lo cual tendrías que hacerte una copia de seguridad de ellos o de las aplicaciones que tienes instaladas. Los de la tarjeta SD no se borran, pero si tienes aplicaciones movidas a la SD dudo mucho que puedan funcionarte luego, yo haría una copia en tu ordenador y una instalación completamente limpia de cero.
Yo lo flasheé con la SIM dentro del móvil, por lo cual, es indiferente no afecta en nada.
De los mensajes SMS yo usé SMS Backup & Restore para hacer una copia de seguridad y luego restaurarla nuevamente, te dejo el link del play store por si no tienes otro programa preferido:
https://play.google.com/store/apps/d...SBackupRestore
Para el tema teléfonos, creo que lo mejor es tener una cuenta de gmail y asociar los teléfonos de tu SIM a esa cuenta, así, cada vez que cambies de operador o de móvil no tendrás que romperte la cabeza copiando números de teléfono, solo activarás la cuenta de gmail en el móvil y automáticamente tendrás los números nuevamente.
Para aplicaciones, pues ahí poco te puedo ayudar, siendo root como eres, pues ya sabes, titanium backup o incluso Helium (Carbón), aunque yo volví a instalar las aplicaciones que me interesaron de cero sin copias de seguridad ni nada.
Para el navegador, yo uso el sygic, y solo me guardé mis favoritos e instalé la última versión que hay disponible y le metí los favoritos nuevamente, eso ya tu mismo.
Saludos.