Es que es el funcionamiento normal.
Las aplicaciones se instalan en la partición interna de 2 GB (denominada /data).
Los datos "gordos" de las aplicaciones, y tus fotos, música, etc.. en la partición interna de 11,5 GB llamada "Almacén USB".
La SD externa si se la pones... pues para más fotos y música, y para mover aplicaciones a ella para liberar un poco la partición de 2 GB.