Desde algún programa como iTunes o SongBird (entre muchos otros), existe la posibilidad de integrar la caratula en el propio MP3, te pongo el ejemplo de iTunes, porque cuando seleccionas las canciones solo tienes que arrastrar la caratula en un recuadro que representa el disco.
Hay muchos otros programas que son exclusivamente para buscar caratulas e integrarlas en el MP3, aunque yo acabé haciéndolo a mano hace tiempo, porque o no se añadían todas las portadas o no se hacia correctamente.