Saludos @lestillo .... buuuufffff vaya con tus preguntas

En primer lugar no soy ningún "Master".... soy un chapucillas que de muy vez en cuando sale algo bien...... Bueno, al tema....
1º Para modificar el launcher2.apk necesitarás de herramientas para poder abrirlo, después cerrarlo y firmarlo, como por ejemplo el apktool
http://www.dev-puremod.es/showthread.php?tid=302.
Sobre las aplicaciones que no sean del systema.... si en system existe una carpeta que se llama "preinstall" ponlas ahí que se instalarán solas.... si no existe.... en /data tendrás que crear (si no existe) una carpeta llamada "app" y las pones ahí.... también se instalarán solas.
2º Lo de portar Android 4.2 es un tema mucho mas complicado.... piensa que estás metiendo una carpeta system, la cual lleva unos módulos del kernel que es de otra versión al que tu tienes.... prueba a cambiar los módulos del system 4.2 (los archivos .ko) por los que tu tenías en la anterior versión.... lo del touchscreen y demás me imagino que será por los archivos .cfg, de configuración, que también cambiaran en algo y por eso no funcionan. El tema de los botones es mas sencillo ves system/usr/keylayout.... ahí hay varios archivos, el que controla eso en mi tablet se llama axp20-suppler.kl, si existe, lo cambias por el que tenías en la versión antigua.... si no existe busca uno que mas o menos sea así
Código:
key 116 POWER WAKE
key 102 HOME WAKE
key 1 BACK WAKE
key 139 MENU WAKE_DROPPED
key 115 VOLUME_UP
key 114 VOLUME_DOWN
Ese será el que tienes que cambiar.
La secuencia de arranque de los dispositivos es:
bootloader, que se encarga de cargar los módulos primordiales (pantalla, touch, etc) así como establecer la resolución de pantalla, salida HDMI, etc....
Luego lee el boot.img, o sea el kermel que se encarga de cargar los módulos que están en system y todos los binarios necesarios para que el dispositivo funcione.
Esa es..... de manera muy sencilla la secuencia de arranque.
Espero haberte ayudado un poco... saludos