Seguro que ya lo has hecho antes, pero has comprobado el MD5 de los ficheros descargados antes de flashear? Es que si por cualquier cosa tienes el fichero corrupto y te lo instala, la ROM no va a funcionar...
En cuanto a tu pregunta, no tengo ni idea, pero seguro que se puede hacer a mano desde fastboot o adb, ya que los zip contienen varios archivos *.img similares a los que se utilizan al rootear el terminal, y lo demás copiar cierta información al almacenamiento (corregidme si estoy equivocado).