A ver que da igual la ROM que instales y que este o no permisivo el bootloader no se puede tocar y el chivatazo de KNOX 0x1 no lo vas a quitar.
Te pongo un ejemplo, tu no quieres que se pueda entrar a la BIOS de tu PC pulsando F2. Por eso borras Windows, le instalas linux, ves que no, pasas a Ubuntu, tampoco..
Esto no es problema del SO, el bootloader viene integrado dentro de la flash del telefono en otra particion y no se puede quitar.