Te han aparecido porque cualquier ROM cuando se instala, machaca tu /system/ e instala el nuevo. Ello incluye el /system/app donde están todas las apps originales de sistema.
Al ser apps de sistema y no de usuario ( /data/app ) , no podrás borrarlas. Solo congelarlas desde el menú de aplicaciones o si que podras eliminarlas a mano con Titanium Backup siendo root. Pinchando sobre ellas te sale un menú en que podrás congelarlas o eliminarlas.
En este caso instala sin formatear el /system. Es decir...no te borra tu /system para meter el nuevo sino que actualiza encima. Y lo confirmo porque si formatease el /system , perderíais root. Por lo que veo, PCCompanion formatea e instala . Pero por OTA solo instala encima de lo que tienes. Eso hace que lo que ya existía se machaque con lo nuevo y lo que no se agregue.
