Ventajas de rootear:
-Puedes cambiar la ROM de fábrica por alguna personalizada, y sí puedes poner alguna ROM que no es 'Android nativo', pero casi.
-Puedes instalar apps que requieren permisos root como apps para backups, bloqueadores de publicidad.
-Puedes desinstalar cualquier app, incluso las que vienen preinstaladas. (Esto, cambiando de ROM y/o el Kernel)
-Puedes mover todas las apps a la SD. Al ser root puedes forzar esto con cualquier app, eso sí, algunas no se aconsejan, sobre todo las que utilices su widget.
-Realizar modificaciones en el sistema o instalar parches.
-Realizar overclocking para aumentar el rendimiento. También lo contrario, underclocking, para mejorar la autonomía.
Desventajas de rootear:
-Se anula la garantía. Los fabricantes no reparan terminales que han sido rooteados.
-Peligroso si no sabes lo que haces. Algunas modificaciones podrían dejar el inútil smartphone. (aun que, sinceramente, en este teléfono todavía no he visto ni un solo brick que no se pueda recuperar).
-Se pierde seguridad. Conseguir permisos administrativos hace que sea más fácil ser infectado por algún malware o algo dañino, para esto te recomiendo que siempre revises los permisos.
-Perder las actualizaciones. Para actualizar oficialmente via OTA necesitas tener el teléfono de fábrica.
Creo que no se me olvida mucho, de todas formas, es un tema muy común que encuentras en cualquier página o foro relacionado con Android. Te animo a que te pases por el Subforo de ROMs y Desarrollo y veas lo que hay por ahí. Saludos.