Las actualizaciones no te saltaran nunca con una custom rom o lo que es lo mismo una rom hecha al gusto del desarrollador casi siempre rooteada.
Existe una app que se llama triangle-away que funciona perfectamente en nuestro dispositivo y su papel es resetear y poner el contador de flasheos a 0. Hay tutoriales para ello, cuidado que tocamos.
Si lo que quieres es que te salten las actualizaciones tendras que meter por odin una stock, ya sabes que esta no estara rooteada y te permitira actualizar.
Un saludo.