Los de la tarjeta de memoria se quedan. Aunque si es posible que alguno luego no funcione, pero son los menos. A mí por ejemplo sólo me pasa con el g-alarm. El resto (juegos, igo8, freda, ....) siguen ahí...sólo que sin accesos directos desde INICIO...pero esos los puedes generar tú mediante XDA_UC o manualmente después del flasheo!!!