Yo antes de meter una Rom nueva siempre :
-Hago backup de los SMS (smsbackup)
-Hago backup de los mensajes del whatsapp (desde el propio programa )
-Hago backup de las aplicaciones (appbackup y Titanium Backup)
-Hago un Nandroidb Backup después de haber hecho los pasos anteriores
-No hago Backup de los contactos, ya que los tengo asociados a mi cuenta de Gmail (todos los que usamos Android deberíamos detener una cuenta de correo Gmail y tener los contactos en ella)
Una vez instalada la nueva Rom y después de haber conectado el móvil a la wifi :
-Añado la cuenta de Gmail en cuanto me lo pide, desmarcando todas las opciones que hay (no quiero ni que haga copia de seguridad de las aplicaciones Online ni que me las restaure posteriormente). Una vez que el móvil entra en la pantalla principal voy a los ajustes de la cuenta de Google y sólo dejo marcadas las opciones de contactos y calendario.
-Después restauro los mensajes con Smsbackup (descargado del Play store)
-Restauro las aplicaciones bien a mano o bien mediante el Titanium