Editando el updater-script. Es el archivo que le dice al recovery q hacer. Si abres el zip se encuentra dentro de META-INF/com/google/android.
Familiarízate con los comandos del android debug bridge, y puedes editar ese archivo como texto para indicarle al recovery que borre dichas apps en vez de copiarlas, ó deshacer los cambios manualmente con un explorador root.