A mí me ha pasado en dos ocasiones, la última vez tuve qué formatearla desde el pc y entonces la reconoció a la primera y hasta ahora. Al pasar los archivos al pc con el lector me pasaba igual que a ti, normalmente se paraba al pasar una carpeta que dentro a su vez tiene mas carpetas o si pasaba varias a la vez, así que pasando las carpetas de una en una me fue sin problemas.
A ver si hay suerte y puedes recuperar todo!