¿Tienes instalados los drivers de Flashtool?:
En la carpeta que se instala Flastool vamos a la carpeta drivers y ejecutamos el archivo flastooldrivers. Marcamos
-Del Xperia S (o SL ¿¿??) marqué todo menos GB
-FlashMode Drivers
-FlashBoot Drivers
Te lo digo un poco de memoria pero más o menos... Suerte.