Estás usando el flashtool para rootear?
Bajate el programa (desde el ordenador)
"Eroot" (Esta en ese mismo post) conectas el teléfono así :

Cita:
Depuración usb activada
Origenes desconocidos activada
Xperia - Conexion - MSC modo almacenamiento masivo

En 5 segundos serás ROOT.
Y en el Eroot le das a ROOT en grande cuando conectes el teléfono.
Para saber si eres ROOT busca entre tus aplicaciones la app "
Superusuario"
Flashtool es para bajar de ICS a Gingerbread y viceversa ... y para meter kernel , baseband y ROM.