Ponerlo de fábrica entiendo que quiere decir que no lleve ninguna ROM modificada no oficial, pero no quieres tampoco que sea la ROM de algún operador... osea que entiendio que quieres una ROM oficial de Samsung.
Para eso lo mejor es que sigas este tutorial que está muy claro ---->>>
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=630997
Al hacerlo perderás lo instalado, pero no el contenido que tengas en la tarjeta SD externa. (fotos, musica, etc..)