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Yo estoy con el mismo problema, en una página para desbloquear por imei decían que podía dar fallos al actualizar. Y por ahora lo tengo con Root pero no sé si pasarle el Galaxy Unlock (lo hice con un S2 y pese a actualizarlo a la última versión sigue desbloqueado).

Exactamente por esto:

 Cita:

Aviso importante!
La nueva actualización (KIES oficial) de android 4.1.2 afecta negativamente a la liberación por imei de algunos telefonos, mayoriamente son los modelos I9000,I9100,S2, S3,S3 mini ,Note, Note2. La actualización realiza cambios en la carpeta EFS* del telefono y se pierde la liberación por imei dejando inservible el código. *La carpeta EFS almacena los datos criticos de nuestro terminal.
Si el terminal que desea liberar esta actualizado, lleva la versión 4.1.2 o usted quiere
actualizarlo en el futuro por favor, NO realice la compra porque el código no funcionará y NO aceptamos devoluciones.
Si no quiere actualizarlo y si aparece una ventana en el terminal avisando de una nueva
actualización ( KIES oficial) usted tiene que elegir la opcion "NO" rechazando la actualización.

Si su móvil nuevo viene con la versión de android 4.1.2 instalada se puede liberar sin ningun problema. Solo hay problemas con los actualizados.