Cada que instalas un "tweak" estos van a system, y system app. Todo lo que hay ahi, esta en el sistema, asi que si borras algo, sustituyes, modificas, ya no va a estar ahí nunca. Checa la carpeta donde estan los tweaks, fijate si estan en carpeta system, o system/app, si estan ahí, no se eliminan, as que deberias eliminarlos mnualmente.
Para los archivos modificados o sustituidos, debes bajarte una rom stock(si tu telefono esta deodexado, me da a mi que no vas a poder, ya que todas las roms basadas en stock se deodexan), sacar los archivos originales, y reemplazarlo. Si t da problemas, tendrias que flashearlo de nuevo con algún Update.APP