Tengo ZX, misma rom, y root, así que intentaré resolverte la duda, ya que a mí no me pasa, y suelo conectar a veces el móvil al pc para ciertas cosillas que por wifi se hacen más tediosas.
Los tonos que asignamos se guardan (los vínculos) en unas bases de datos internas de Android, concretamente en /data/data/com.android.providers.media/databases (internal.db y external.db) . Estas bases de datos contienen además las metatags id3 de nuestros mp3, las fotos y vídeos que tenemos, los bookmarks...
En ocasiones, muchos usuarios se extrañan de porqué les aparecen álbumes o artistas repetidos en sus reproductores de música, y la solución que se está dando desde que nos llegó ICS (Android 4.0) es resetear esas bases de datos yendo a "Ajustes de sistema/Aplicaciones/Todas/Almacenamiento de medios/Borrar", con la consecuente pérdida de nuestras asignaciones de tonos de llamada como efecto colateral.
¿Es posible que hayas realizado tal acción? ¿Puede ser que tengas instalada alguna aplicación que lo esté haciendo? Te hago estas preguntas y te he soltado el tostón teórico porque no se me ocurre otra forma de perder las asignaciones de tonos de llamada, y el conectar el móvil a un pc no es la causa exacta.
