El problema de los cierres se produce al desmontar una tarjeta si estás utilizando a2sd. Para pasar las aplicaciones al teléfono, es necesario crear 3 particiones en la tarjeta, y dos de ellas son las que se ocupan de las aplicaciones mientras que la mayor se queda en FAT32 y sirve de almacenamiento. Al conectar por USB sólo se desmonta esa partición, no las otras dos, que siguen funcionando como si fueran memoria interna del teléfono.
Si tienes un ROM con a2sd, no hay ningún problema por conectar vía USB. Los problemas aparecen si desconectas físicamente la tarjeta del teléfono.