Bueno antes pongo el mensaje y antes encuentro la solución. Por si alguien tiene un problema igual aquí mi solución:
Al compilar los apk con el apkmultitool cuando me creaba la carpeta keep, borraba todo menos la carpeta META-INF.
Esta vez solo he borrado la carpeta res y el archivo resources.arsc y he compilado de nuevo.
Problema resuelto los archivos que no funcionaban correctamente ahora si lo hacen.
Saludos!!
