Al arrancar GB te habrá indicado que podías restaurar las conversaciones, imagino.
Intenta eliminar (o mover a otro sitio) los ficheros de backup .db.crypt.12 antiguos (los que tienen fecha) de tal manera que solo quedaría el último que hayas hecho. Vuelve a realizar el proceso de activación de WhatsApp para que te pregunte si deseas restaurar a ver si esta vez las tienes
