Responderte correctamente es para hacer un libro...
Las mejoras de ajustes de sistema y aplicaciones de la rom (tweaks) están por todas partes. Unas se implementan en el archivo build.prop activando o desactivando funciones cambiando parámetros del propio sistema, otras mediante scripts de inicio incluidos en la carpeta init.d normalmente para mejorar el rendimiento del kernel stock, otras en las aplicaciones directamente...
Lo único que es recomendable saber es que si pones un kernel diferente debes mirar las recomendaciones del creador del kernel, por ejemplo, Lonas recomienda eliminar los scripts de la carpeta init.d, porque su kernel ya trae la mayoría de estas mejoras de serie y es posible que haya incompatibilidades.
No hay una aplicación o algo parecido para activar o desactivar las mejoras y en el primer post tienes todo lo que Andy ha recopilado en su rom y hace que funcione como funciona.
