Cuento mi experiencia, Tengo mi nexus 4.2.2 encriptado y tuve muchas dificultades para hacer root, ya que desde recovery obtenia un error E:Cant´t mount, al final este error se debía al encriptado, pude hacer root con el programa nexus root toolkit 1.6.3 wugfresh ya que en su momento me pedia el pin para poder realizar el root.
Se pierde el desbloqueo deslizar, patron, el reproductor poweramp ya no lo puedo tener activo en la pantalla bloqueado debio al pin y así mismo se pierde la funcionalidad de los widgets que funcionaban con el telefono bloqueado pero sin encriptar.
Como menciona el compañero The Omen no se puede hacer nandroid, backup o wipes desde recovery, así que si cambian mucho de rom no recomiendo encriptarlo.