Está bien pero te pongo todo el proceso simplificado:
1. Batería a tope
2. Backup de todo el tlf con el recovery
3. Por lo que pueda pasar copia ese backup de la sd al pc
4. Una vez copiada la rom y el kernel a la sd haces todos los wipes menos el de la sd.
5. Instalas la rom desde el recovery.
6. Si eres s-on extraes el zip de la rom en el pc y guardas el boot.img
7. Pones el tlf en modo fastboot y flasheas el boot.img mediante el comando fastboot.exe
8. Instalas kernel y gapps desde recovery
9. Borras cache de nuevo desde recovery o fastboot
10. Arrancas y configuras
No obstante, lee las instrucciones del creador de la rom. Hay veces que hay que hacer un reinicio entre medias de la instalación de la rom y las gapps....
Si tienes alguna duda me dices. Los nightlies son compilaciones intermedias según van añadiendo cosas o arreglando fallos. Se recomienda instalar siempre la última versión estable. Con las otras versiones te puedes encontrar con fallos....
Saludos!