Buenos días.
Sí, las gapps y el kernel los tienes que reinstalar, ya que las gapps las pierdes y el kernel que se te instala es el que te trae cyanogenmod por defecto (esto ya es a tu gusto, si no quieres hacer Overclock ni nada puedes deja ese kernel, pero te recomiendo el último SKernel que va muy muy bien)
Un saludo
Edito: te pongo los pasos flasheando gapps y kernel.
-Mete en la sd la versión que quieras poner, las gapps y el kernel.
-Entra en recovery y haz todos los wipes (wipe data, wipe cache y wipe dalvik cache, ten en cuenta que con esto pierdes todas las aplicaciones y demás).
-Flashea la rom elegida.
-Flashea el kernel (esto es opcional, puedes dejar el que trae por defecto)
-Flashea las gapps.
-Reinicia el telefono desde el recovery (Reboot System Now)
Espero haberte ayudado!