Yo tambien cambio de rom cada 2x3 y nunca me ha pasado eso... siempre usando el TB para hacer los backups/restauraciones...
Con lo que sigo pensando que el tema viene del launcher basura de sony + lo que tarda el móvil en montar la sd al arrancar.
Yo lo primero que hago cuando instalo una rom nueva es instalar el explorador de archivos, instalar TB y launcher pro, desinstalar el launcher de sony.... eso siempre es lo primero.