Yo probé a clonar, con la partición fat no hubo mucho problema, pero con la partición EXT3 donde están los enlaces de las app, parece que si, no paraban de dar error casi todas las app.Al final la solución fue desinstalar todas las app y volver a instalarlas de nuevo.
Ojala alguien separa una solución para este tema.Es más frecuente de lo que creemos cambiar de SD, porque sea de baja velocidad, quedarnos sin espacio, etc...
Saludos.